近くのスーパーに秋は国内産の鮭が売っててよく買ってたんですが最近は輸入のサーモンばっかしです少し寂しいです．

OpenCVでちょっと気になって，画素単位のアクセスをするときcv::Matのat()による方法とcv::Mat_のoperator()による方法でどっちが速いかなと思って調べてみました．
星の数ほどされてる議論のようなするけどぱっと見た範囲で見当たらなかったのでやってみた．
参考までに画像ピクセル値へのアクセスと計算速度 | OpenCV.jpもあります．

結論から言うと，全く同じでした．

コードはこんなかんじ．時間計測はオレオレライブラリで高精度な計測ができます．

実行結果はこんなかんじ．

% ./a.out
cv::Mat::at<T>() -> 9.82353ms/回
cv::Mat_<unsigned char>::operator() -> 9.69412ms/回

大きさ(w,h)によらず同じくらいの模様．

あと気になる生配列とのアクセス速度の差ですが，上述プログラムと同じ処理を書いちゃうと最適化で全部消えちゃうしそうならないくらい複雑なプログラムは面倒だったので断念．
最適化しなければ，cv::Matの方が3割くらい遅いくらいでした．最適化するとどうなるやら．

• CPU: i7 870 (2.93GHz)
• OS: Ubuntu 11.10 x86
• gcc: 4.7.0
• option: -std=c++0x
• OpenCV: 2.4.3

追記:
Ivy Bridge速すぎワロタｗ

• CPU: i5 3570 (3.40 GHz)
• OS: Linux Mint 13
• gcc: 4.6.3
• OpenCV: 2.4.3

% ./a.out
cv::Mat::at<T>() -> 2.34902ms/回
cv::Mat_<unsigned char>::operator() -> 2.34902ms/回