Author: belltail

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Dashにchainerのドキュメントを登録する

by belltail
魚について調べる時、（Wikipediaもいいんですが）FishBase : A Global Information System on Fishesとかは結構分量も凄くて、英語中心ですがときどき役に立ちます。

さて、Macを3年ぐらい使ってきてて恥ずかしながらわりと最近までドキュメントのインクリメンタルサーチができるDashを知らなかったんですけども、ちょっと前から使うようになりました。仕事や趣味でChainerを使うんですが、ChainerのドキュメントはDashで提供されてないので、自分でドキュメントをDash用に変換する必要があります。

とは言えChainerはSphinxでドキュメントが書かれているので、doc2dashというpipを使えば一発でできます。

なのですごい簡単なんですが、環境を新しくする度にやり方を調べてやってる気がするので、メモ。
別にchainer限定ではなくて他の何にでも当てはまる一般的な話なんですが、あえてchainer specificな話題にしてみました。

# 準備。doc2dashを入れる。
% pip install doc2dash

# Cloneしてくる
% git clone https://github.com/pfnet/chainer.git --branch v2.0.0
% cd chainer/docs

# Optional: アイコンに使う画像をダウンロードしてくる。ここではTwitterから。
% wget https://pbs.twimg.com/profile_images/606654945438203905/D7LygzpN_400x400.png -O chainer_logo.png

# ドキュメントをビルドし、dash形式に変換
% make html
% doc2dash build/html -n chainer2 -i chainer_logo.png
# % doc2dash build/html -n chainer2   #アイコンが不要な場合

これを実行すると、chainer2.docsetというディレクトリが生成されます。Sphinx等はもちろん入っている必要があるので、怒られた場合は指示に従って入れてください。
Dashをインストール済みのMacでFinderにてこのディレクトリをダブルクリックすると、検索できるドキュメントとして追加されます。

ぼくの場合手元のMacだと、2017/7/3現在でのmasterのときsphinxのビルド（上記のmake html）がこんなかんじで失敗することがあったので、Linux環境でmakeしました。また、いきなりmake htmlするとエラーで死ぬんですがmake dirhtmlしてからmake htmlすると通ることも度々ありました。ちょっと謎。

% make dirhtml
...
...
reading sources... [ 76%] reference/generated/chainer.links.StatelessLSTM
reading sources... [ 76%] reference/generated/chainer.links.VGG16Layers
reading sources... [ 76%] reference/generated/chainer.links.caffe.CaffeFunction
reading sources... [ 77%] reference/generated/chainer.links.model.vision.googlenet.prepare
reading sources... [ 77%] reference/generated/chainer.links.model.vision.resnet.ResNetLayers
reading sources... [ 77%] reference/generated/chainer.links.model.vision.resnet.prepare
reading sources... [ 77%] reference/generated/chainer.links.model.vision.vgg.prepare
reading sources... [ 78%] reference/generated/chainer.optimizers.AdaDelta
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:30: WARNING: failed to import chainer.gradient_check.check_backward
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:30: WARNING: failed to import chainer.gradient_check.numerical_grad
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:30: WARNING: toctree references unknown document 'reference/generated/chainer.gradient_check.check_backward'
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:30: WARNING: toctree references unknown document 'reference/generated/chainer.gradient_check.numerical_grad'
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:43: WARNING: failed to import chainer.testing.assert_allclose
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:43: WARNING: toctree references unknown document 'reference/generated/chainer.testing.assert_allclose'
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:53: WARNING: failed to import chainer.testing.unary_math_function_unittest
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/check.rst:53: WARNING: toctree references unknown document 'reference/generated/chainer.testing.unary_math_function_unittest'
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.Chain.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.ChainList.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.Link.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/core/optimizer.rst:4: WARNING: failed to import chainer.Hyperparameter
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/core/optimizer.rst:4: WARNING: toctree references unknown document 'reference/core/generated/chainer.Hyperparameter'
WARNING: /Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/datasets.rst:57: (WARNING/2) autodoc: failed to import class 'ConcatenatedDataset' from module 'chainer.datasets'; the following exception was raised:
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/sphinx/util/inspect.py", line 169, in safe_getattr
    return getattr(obj, name, *defargs)
AttributeError: module 'chainer.datasets' has no attribute 'ConcatenatedDataset'
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/sphinx/ext/autodoc.py", line 664, in import_object
    obj = self.get_attr(obj, part)
  File "/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/sphinx/ext/autodoc.py", line 554, in get_attr
    return safe_getattr(obj, name, *defargs)
  File "/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/sphinx/util/inspect.py", line 185, in safe_getattr
    raise AttributeError(name)
AttributeError: ConcatenatedDataset
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/functions.rst:30: WARNING: failed to import chainer.functions.tree_lstm
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/functions.rst:30: WARNING: toctree references unknown document 'reference/generated/chainer.functions.tree_lstm'
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/functions.rst:216: WARNING: failed to import chainer.functions.layer_normalization
/Users/hoge/Work/chainer/chainer/docs/source/reference/functions.rst:216: WARNING: toctree references unknown document 'reference/generated/chainer.functions.layer_normalization'
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.BatchNormalization.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Bias.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Bilinear.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.BinaryHierarchicalSoftmax.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.BlackOut.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.CRF1d.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Classifier.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Convolution2D.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.ConvolutionND.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Deconvolution2D.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.DeconvolutionND.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.DepthwiseConvolution2D.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.DilatedConvolution2D.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.EmbedID.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.GRU.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.GoogLeNet.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Highway.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Inception.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.InceptionBN.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.LSTM.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.LayerNormalization.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Linear.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.MLPConvolution2D.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Maxout.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepBiGRU.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepBiLSTM.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepBiRNNReLU.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepBiRNNTanh.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepGRU.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepLSTM.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepRNNReLU.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NStepRNNTanh.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.NegativeSampling.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.PReLU.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.ResNet101Layers.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.ResNet152Layers.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.ResNet50Layers.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.Scale.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.SimplifiedDropconnect.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.StatefulGRU.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.StatefulPeepholeLSTM.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.StatelessLSTM.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.VGG16Layers.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.caffe.CaffeFunction.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/link.py:docstring of chainer.links.model.vision.resnet.ResNetLayers.init_scope:19: WARNING: Unexpected indentation.
Exception occurred:
  File "/Users/hoge/.pyenv/versions/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/chainer/optimizer.py", line 598, in __get__
    return getattr(obj.hyperparam, self._attr_name)
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'hyperparam'
The full traceback has been saved in /var/folders/y1/tp8l6j7n67bgbz8tpm0_05b40000gn/T/sphinx-err-6hlmrj53.log, if you want to report the issue to the developers.
Please also report this if it was a user error, so that a better error message can be provided next time.
A bug report can be filed in the tracker at <https://github.com/sphinx-doc/sphinx/issues>. Thanks!
make: *** [dirhtml] Error 1

また、DashのWindows/Linux版であるZealを使っている場合、上記の手順でビルドしてできたchainer2.docsetディレクトリを、Zealのdocsetsディレクトリに入れることでZealに見えるようになります。

% mv chainer2.docset ~/.local/share/Zeal/Zeal/docsets/

（docsetsディレクトリの場所は環境によって異なる可能性があります。optionsで確認できます）

✌(‘ω’✌ )三✌(‘ω’)✌三( ✌’ω’)✌たのしい！

なお、後になってDash-User-ContributionにChainerがあることを知った…
https://github.com/Kapeli/Dash-User-Contributions/tree/master/docsets/Chainer
常に自分の責任で最新に追従させたいわけじゃなければ、これで十分。メンテナのmitmulさんは同僚ですｗ

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rakeとかでwarning: already initialized constant Rake::VERSIONみたいなエラーが出た

by belltail
世界の総水産量は年間約9000万トン(養殖含め)だそうですが、世界の鯨が1年に食べる魚類の量は2.8億トンから5億トンになると試算されており(1)、人間の数倍もの水産物が鯨によって消費されているそうです。ヒトの生物量でもせいぜい3億トンかそこら(50kg*70億人=3.5億トン)ですから、すごい量です。とはいえオキアミや微生物など水産物として競合しないものもあるので単純な比較はできませんが。

さて、rails開発していて、見たことのないこんなエラーに遭遇しました。

% rake -T
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:2: warning: already initialized constant Rake::VERSION
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:2: warning: previous definition of VERSION was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: already initialized constant Rake::Version::MAJOR
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: previous definition of MAJOR was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: already initialized constant Rake::Version::MINOR
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: previous definition of MINOR was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: already initialized constant Rake::Version::BUILD
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: previous definition of BUILD was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: already initialized constant Rake::Version::OTHER
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:5: warning: previous definition of OTHER was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:7: warning: already initialized constant Rake::Version::NUMBERS
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/version.rb:7: warning: previous definition of NUMBERS was here
WARNING: Possible conflict with Rake extension: String#ext already exists
WARNING: Possible conflict with Rake extension: String#pathmap already exists

...(つらつら続きます)...

/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/task_arguments.rb:107: warning: already initialized constant Rake::EMPTY_TASK_ARGS
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/task_arguments.rb:107: warning: previous definition of EMPTY_TASK_ARGS was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/invocation_chain.rb:54: warning: already initialized constant Rake::InvocationChain::EMPTY
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/invocation_chain.rb:54: warning: previous definition of EMPTY was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/early_time.rb:20: warning: already initialized constant Rake::EARLY
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/early_time.rb:20: warning: previous definition of EARLY was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/late_time.rb:16: warning: already initialized constant Rake::LATE
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/late_time.rb:16: warning: previous definition of LATE was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:3: warning: already initialized constant Rake::Backtrace::SYS_KEYS
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:3: warning: previous definition of SYS_KEYS was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:4: warning: already initialized constant Rake::Backtrace::SYS_PATHS
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:4: warning: previous definition of SYS_PATHS was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:7: warning: already initialized constant Rake::Backtrace::SUPPRESSED_PATHS
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:7: warning: previous definition of SUPPRESSED_PATHS was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:11: warning: already initialized constant Rake::Backtrace::SUPPRESSED_PATHS_RE
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:11: warning: previous definition of SUPPRESSED_PATHS_RE was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:15: warning: already initialized constant Rake::Backtrace::SUPPRESS_PATTERN
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake/backtrace.rb:15: warning: previous definition of SUPPRESS_PATTERN was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake.rb:69: warning: already initialized constant FileList
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake.rb:69: warning: previous definition of FileList was here
/Users/foo/bar/hoge/vendor/bundle/ruby/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake.rb:70: warning: already initialized constant RakeFileUtils
/Users/foo/.rbenv/versions/2.4.1/lib/ruby/gems/2.4.0/gems/rake-12.0.0/lib/rake.rb:70: warning: previous definition of RakeFileUtils was here

自分の場合はrbenvを使っていたので、rubyの処理系を一旦消した上でもっかい入れ直し、さらにvendor/bundleを消したらなおりました。

% rbenv uninstall 2.4.1
% rbenv install 2.4.1
% rbenv rehash
% rm -rf vendor/bundle
% gem install bundler
% bundle install
% rake -T
rake about                              # List versions of all Rails frameworks and the environment
rake app:template                       # Applies the template supplied by LOCATION=(/path/to/template) or URL
rake app:update                         # Update configs and some other initially generated files (or use just update:configs or update:bin)
rake assets:clean[keep]                 # Remove old compiled assets
rake assets:clobber                     # Remove compiled assets
...

原因は、rails newしたあと一回普通にbundle installしたのですが、その後でbundle install –path=vendor/bundleをしてしまったため、rbenvの下のrubyの中にgemがどばどば入ったのと、railsアプリ内のvendor/bundleの下に入ったgemが一緒にロードされてしまったためです。

上の対処法では両方消した形になりますが、本当は片方だけで良いはず。
自分はついでに.bundle/configの中からBUNDLE_PATHを除去し、vendor/bundleではなくruby処理系の中に入れることにしました（自分のruby使用頻度だとそれであんま困らないので）

備忘録でした。

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tqdmをムリヤリprocess safeっぽくするdirty hack

by belltail
生物界で最大の目（光を検知する器官）を持っているのはダイオウイカおよびダイオウホウズキイカと言われ、その大きさは30〜35cmほどにもなるのだそうです。

さて、世界70億人のPythonプログラマが手放せないのが、tqdmというプログレスバーを簡単に表示できるようにしてくれるライブラリです。
しかしながらtqdmは（当然と言えば当然ですが）複数のプロセスから1つのプログレスバーを管理することができるような設計にはなっていません。
たとえば高速化のためにmultiprocessingを用いて並列処理をしながらプログレスバーを出したいとき、tqdmはそのままでは使えないことになります。

例えば、下記のようなコードで単にtqdmのインスタンスを子プロセスに渡して中でupdateをすると…

import tqdm
import multiprocessing

def worker(pbar):
    pbar.update()

ar = [i for i in range(100)]
with tqdm.tqdm(ar) as pbar:
    jobs = []
    for t in ar:
        job = multiprocessing.Process(target=worker, args=(pbar,))
        job.start()
        jobs.append(job)
    for job in jobs:
        job.join()

実行結果はこんな感じ。

% python usage.py
  1%|▉                                                                                                 | 1/100 [00:00<00:25,  3.89it/s]

こんなふうに、100%まで行ってくれません。
端的に説明すると、100個forkされた内部カウント0の状態をそれぞれ+1するのが100回走るだけ、だからです。

じゃあ内部カウントが常によろしく増えるために、内部カウントを無視して共有メモリで常に正しくカウントしてればいいよね、っていう単純な発想による汚いハックをしてみました。

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大量のサーバに同じファイル（でかい）を効率的にコピーする

by belltail
インド洋では、夏頃にイワシの大群が押し寄せるサーディンラン現象というのがあるのだそうです。その個体数、にわかには信じがたいですが億のオーダーにもなるとのことです。すげーな！

さて、あるサーバ1台が数百GBにもなる巨大なファイル（群）を持っているとします。
このファイル群を、そのサーバに接続された他の複数(大量)のサーバのローカルディスクにコピーしたいです。
以後これを便宜的にbcast cpと呼ぶことにします。

rsyncを1台ずつ回すのが頭悪い方法なのは明らか。当然NFSなどを立てて共有するというのも本質的にはそれと同じ。
同僚のiwiwiさんがちょうど集団通信アルゴリズムの話をしていたのを聞いて、それを活用して効率的にファイルをバラまくようなアドホックなスクリプトを書いて、ときどき使えそうなのでまとめておきました。

「やってみた」ぐらいの話なのでガチ勢の方たちにはƱ”-ʓ飲んで寝ていてほしいです。

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pythonでlistを（なるべく）均等分割するスニペット

by belltail
魚類というのは世界で20000種が報告されているんだそうですが、もちろん実際にはこれより遥かに多くの種が存在すると思われているそうです。食べられる魚だけでも一体何種いるんでしょう。

さて、Pythonでリストをあるk個のリストへなるべく均等に分割したい…というようなことが頻繁ではないけどたまーに欲しくなって、その都度何分かかけて書いてる（でときどきバグ作り込む）気がするのでスニペットとしてメモ。

やりたいこと。

 [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11]

…というような長さ12の配列を5分割する。

[ [0, 1], [2, 3], [4, 5, 6], [7, 8], [9, 10, 11] ]

何のことはありません。

def split_array(ar, n_group):
    for i_chunk in range(n_group):
        yield ar[i_chunk * len(ar) // n_group:(i_chunk + 1) * len(ar) // n_group]

Python2なら割り算のところは//でなく/でおｋ。

リストを受け取ればリストを返すし、rangeを受け取ればrangeを返します。

> [list(r) for r in split_array(range(12), 5)]
[ [0, 1], [2, 3], [4, 5, 6], [7, 8], [9, 10, 11] ]

1982798万番煎じぐらいだとおもう。

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MacにRMagickが入らなくてつらい人へ

by belltail
大型淡水魚のピラルクーはとても特徴的な大きな鱗をもち、その硬さもあって、靴べらなどに利用されることさえあるのだそうです。

さて、Mac(El Capitan)にGemでRMagickを入れようとしたとき、

% gem install rmagick

こんなエラーで死にました。

Gem::Ext::BuildError: ERROR: Failed to build gem native extension.

    /Users/hogehoge/.rbenv/versions/2.2.0/bin/ruby -r ./siteconf20170218-46131-rbo6q5.rb extconf.rb
checking for clang... yes
checking for Magick-config... no
checking for pkg-config... yes
checking for outdated ImageMagick version (<= 6.4.9)... no
checking for Ruby version >= 1.8.5... yes
checking for stdint.h... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for wand/MagickWand.h... no

Can't install RMagick 2.15.4. Can't find MagickWand.h.
 *** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of necessary
libraries and/or headers.  Check the mkmf.log file for more details.  You may
need configuration options.

Provided configuration options:
        --with-opt-dir
        --without-opt-dir
        --with-opt-include
        --without-opt-include=${opt-dir}/include
        --with-opt-lib
        --without-opt-lib=${opt-dir}/lib
        --with-make-prog
        --without-make-prog
        --srcdir=.
        --curdir
        --ruby=/Users/hogehoge/.rbenv/versions/2.2.0/bin/$(RUBY_BASE_NAME)

extconf failed, exit code 1

Gem files will remain installed in /Users/hogehoge/.rbenv/versions/2.2.0/lib/ruby/gems/2.2.0/gems/rmagick-2.15.4 for inspection.
Results logged to /Users/hogehoge/.rbenv/versions/2.2.0/lib/ruby/gems/2.2.0/extensions/x86_64-darwin-15/2.2.0-static/rmagick-2.15.4/gem_make.out

An error occurred while installing rmagick (2.15.4), and Bundler cannot continue.
Make sure that `gem install rmagick -v '2.15.4'` succeeds before bundling.

基本的にはこちらで書かれているような、pkg-config周りをちゃんとするようというようなのがよく引っかかります。
Mac OS X環境にrmagickをインストールする決定版 – Qiita

僕の場合はまた違う現象でした。
結論から言うと、新しいImageMagick7.xがシステムに入ってるとダメで、6.x系列を入れる必要がありました。

% brew uninstall --ignore-dependencies --force imagemagick
% brew install imagemagick@6 && brew link imagemagick@6 --force
% gem install rmagick

この答えは、こちらのStackOverflowで発見しました。
ruby – RMagick installation: Can't find MagickWand.h – Stack Overflow

こういうので時間を溶かすのがいちばんつらいですね。

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UbuntuでOpenCVをlibjpeg-turboつきでビルドする

by belltail
都道府県別の一人あたり魚介類消費量では、青森県がトップで、以下秋田、鳥取、新潟、富山と日本海側の県が続きます。島国・沖縄が意外にも最下位です。

さて、OpenCVで画像をロードするのを速くしたくて、JPEGについてはlibjpeg-turboというのが使えることを知りました。
libjpeg-turboはlibjpegをSIMDなどによって高速化したものでAPIレベルの互換性を保っています。
条件が良ければデコードが数倍速くなるということで、これをOpenCVに組み込んでビルドする方法をメモ。

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YouTube Data API V3とgoogle-api-ruby-client gemでYouTube動画検索

by belltail
この度2017年1月1日を迎えました。神戸港開港150年であり、神戸港に建つ巨大な魚のオブジェ「フィッシュ・ダンス」が公開されて30年でもあります。神戸港には縁もゆかりもありません。

さて、自作サービス(Rails製)の裏側においてYouTubeでの動画検索をしたいと考えていて、YouTube Data API(V3)およびそれを叩くGoogle製のgoogle-api-ruby-client gemを使うことにしました。
しかしながらこのGemは2016年初頭に出た0.9によって大きな変更が入り、公式のものを含めネット上で閲覧可能なサンプルのほとんどが参考にならない状況になっています。
自分でも少し苦労したので、かんたんにメモ。

情報は2017年1月1日JST現在、Gemは0.9.20です。

  1. APIキーを使って動画検索
  2. 情報源

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Karabinarのキー置換定義に独自の例外アプリ指定を設定する

by belltail
世界一標高の高い水族館は長野県茅野市にある蓼科アミューズメント水族館だそうです。一度行ったことがありますが、オススメです。内陸県とあって淡水魚中心に扱っていて、また北八ヶ岳ロープウェイのすぐ下だったりするので、夏の避暑には最高です。

さて、ぼくは普段はLinuxを使っていて、そこに数年前からMacを併用して使うようになったため、Commandキーを中心としたショートカットキーの違いが地味にストレスになります。
そこで、Macでキー入力の解釈を強制的に上書きするツールKarabinarを使っていました。

具体的には一例として、MacでもLinux/Windowsと同じくCtrl+C/X/Vでそれぞれコピー・カット・ペーストをできるようにしたかったのです。
この場合、Karabinarで標準で用意されている「Use PC Style Copy/Paste」を有効にすればOKです。

karabinar_pc_style_copy_paste

しかしながら、私は例えばコーディングなどにPyCharmやRubyMineをvimキーバインドにして使っていて、このときショートカットキー設定がコンフリクトし、Karabinarが優先されることになります。
（具体的には例えばvimでCtrl+vは矩形編集に使うのですが、KarabinarによってOption+Vに置換され結局ペーストが行われます。）
したがって、普段はCtrl+C/X/VをコピペにつかうんだけどPyCharmがアクティブウィンドウになっているときだけそれをナシにする…というような設定をKarabinarに対して行いました。
ここまででやっとタイトルについて説明できた

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Mac+rbenvでconfigure: error: something wrong with LDFLAGS=”…”とか言われた時のいち解法

by belltail
今日は多摩川花火大会をやっていまして、今まさに自室の窓の外から花火が見え音が聞こえる中こんなブログ記事を書いています。ダイナマイト漁で捕獲でもされている気分です。

さて、El Capitanでrbenvを使っていて、rbenv installをしようとしたときこんなかんじのエラーが出てちょっとハマりました。

% rbenv install 2.2.3
Downloading ruby-2.2.3.tar.bz2...
 -> https://cache.ruby-lang.org/pub/ruby/2.2/ruby-2.2.3.tar.bz2
Installing ruby-2.2.3...

BUILD FAILED (OS X 10.11.6 using ruby-build 20160602-31-gf085feb)
...
checking whether LDFLAGS is valid... no
configure: error: something wrong with LDFLAGS="-L/Users/(myname)/.rbenv/versions/2.2.3/lib "
make: *** No targets specified and no makefile found.  Stop.

このエラーはいろんな状況で起こるようです。autoconfのログを見てもよくわかりませんでした。
ググってみると、やれrbenvプラグインのruby-buildが古いだの、やれ特定バージョンのrubyで起こるだの、gccを消せだの、brew doctorしろだの、手動ビルドしろだの…などなど、さまざまな原因でこの現象が起こるようですが、
僕の場合はLIBRARY_PATH環境変数に書いてあったディレクトリが実在しなかったことが原因でした。

つまり、

LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:/usr/lib:/lib

だったのですが、僕の使用するEl Capitan機に/libというディレクトリは存在しなくて、それが結局rbenv installのエラーを引き起こしていました。
なので、環境変数から/libを除くか、/libをmkdirすると、rbenvのビルドは死ななくなりました。
エラーメッセージ自体からはそのことを直接は読み取れなかったので、ハマりました。

ご参考までに。